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对于轻度霉变的饲料或原料，可经过处理后与其他饲料配合使用，不要作为畜禽的“主粮”；对于严重霉变的饲料，因处理成本过高，还是全部废弃为好。霉变饲料的处理方法主要有以下几种：
剔除法 适用于秸秆、颗粒饲料 一旦出现霉变，直接把发霉变质的部分剔除干净即可。
水洗法 适用于籽实饲料 籽实类饲料出现霉变，可先将发霉的饲料粉碎，倒入缸中，加3~4倍水搅匀，以后每天换水搅拌两次，直到浸泡的水由茶色变成无色为止。
晾晒法 适用于大量秸秆饲料 主要用于大量秸秆饲料。方法是先将发霉饲料置于阳光下晒干，然后进行通风、抖松，以除去霉菌。
加热法 适用于饼粕类原料 对于饼粕类原料，在150℃温度下焙烤30分钟，或用微波炉加热8~9分钟，可使其中的黄曲霉素破坏48%~61%。
脱胚法 适用于玉米类籽实饲料 玉米霉变后，其毒素主要集中在胚部。先将玉米磨成直径1.5~4.5毫米的小颗粒，再加5~6倍水，然后进行搅拌，胚部碎片因轻而浮在水面上，将其捞出或随水倒掉，如此反复数次，即可达到去毒的目的。
石灰水浸泡法 适用于玉米、高粱类籽实饲料 适宜于玉米、高粱等籽实类饲料。方法是先将玉米等大粒发霉饲料粉碎成直径1.5~5毫米的小粒（高粱等籽粒较小，可不粉碎），再将经过120目筛后的石灰粉按0.8~1%的比例掺入发霉饲料中，然后将掺入石灰粉的料和水按1∶2的比例倒入容器中搅拌1分钟，静置5~8小时，将水倒出，用清水连续冲洗2~3次，晒干后便可使用。有资料表明，在霉变的饲料中添加5%的生石灰，可去除90~99%的毒素。
氨水法 适用于糠麸类饲料 适宜于糠麸类饲料。方法是每千克饲料用氨水12.5克，在容器内搅拌均匀后，用塑料布密封，在室温20℃、经7天去毒率达87.5%以上；室温40℃、经5天去毒率达90%以上。
碱煮法 适用于籽实类饲料 方法是按100千克发霉饲料加3倍水、500克苏打粉（或1千克石灰）的比例混匀、共煮，至饲料裂开时止，待其冷却后再用清水冲洗，除去碱味即可使用。
吸附法 黏土和沸石（其主要成分为硅铝酸盐）既能促进畜禽的生长发育，又具有很强的吸附作用，在饲料中添加0.5%的黏土或沸石，可以吸附饲料中的霉菌毒素。
发酵法 利用乳酸杆菌进行发酵，在酶的作用下，使黄曲霉素毒性降低。用这种方法处理饲料，不仅可降低饲料中霉菌毒素的毒性，还可增加饲料营养（菌体蛋白），改善适口性。
农民朋友也可以选择防霉剂来防止饲料霉变。饲料防霉剂种类很多，目前使用最广泛的是丙酸及其盐类。丙酸的防霉效果优于其盐类，但丙酸具有腐蚀性和刺激性气味。二丙酸铵的防腐效果与丙酸相近，且克服了丙酸具有腐蚀性及刺激性气味的缺点。除了使用单一型的防霉剂外，目前国际使用防霉剂的发展趋势是采用复合型防霉剂，它们是多种有机酸防霉剂按一定比例配合而成。这种复合型防霉剂可以拓宽抗菌谱范围，增强防霉效果。
